Honduras több mint 5000 különféle növényfajnak ad otthont, amelyek a dzsungelben, a száraz tűlevelű erdőkben, a korallzátonyokon és a mangrovákban élnek, a The Nations Encyclopedia szerint. Ezeknek a növényeknek a színe, textúrája és alakja széles választékban van, az ismerőstől az egzotikusig. Néhány őshonos növény a világ minden tájáról kertekbe és gazdaságokba került, míg mások kizárólag Hondurasban nőnek.
Honduras több ezer növényfajnak ad otthont, amelyek közül néhány nemzeti szimbólumok.Brassavola Digbyana
Ez a natív orchideafaj a Honduras Köztársaság nemzeti virága. A rózsa valójában Honduras nemzeti virágja volt 1946 és 1969 között, ám az őshonos Brassavola digbyana 1969-ben váltotta fel. Ez a növény általában tavasszal és nyáron virágzik, hosszú élettartamú, 5–7 hüvelyk átmérőjű zöld virágot produkálva. A virágok különösen illatosak a kora esti órákban. A Brassavola digbyana inkább a részleges napot és a meleg (60-80 fok Fahrenheit), nedves éghajlatot részesíti előnyben.
Pinus Oocarpa
Ez az őshonos fenyőfa Honduras, Guatemala, El Salvador, Nicaragua és Mexikó területein lakik, általában 3600 láb felett. A Pinus oocarpa-t 1927-ben Honduras nemzeti fájává nyilvánították, és törvényi védelem alatt áll a túl fakitermelés és az erdőtüzek ellen. A Pinus oocarpa közismert neve mogyorófa és mexikói sárga fenyő. Ez a fa olyan területeken fog növekedni, ahol évente 46-70 hüvelyk eső van
Fernaldia Pandurata
A Fernaldia pandurata, közismert nevén loroco, vadon nő Közép-Amerika északi részén és Dél-Mexikó trópusi területein. Illatos virágbimbóit Hondurasban és El Salvadorban fogyasztják, gyakran rizzsel, tojással, sajttal vagy csirkével főzve tamales, tortilla és más autochtonos ételek készítéséhez. A Fernaldia pandurata hosszú szőlőn nő és virágot termel május és október között.
Hondurodendron
Ez az őshonos fafaj kb. 40 méter magas, ha teljesen megnövekszik, és apró hím- és nőstény virágot állít elő, amelynek átmérője kb. 1/8 hüvelyk. A Physond.com szerint a Hondurodendron kizárólag a Honduras északnyugati részén, a Parque Nacional El Cusuco-ban nő, és "széles körben, de ritkán elterjedt a parkban". Ez a fa elsősorban jól kiszívott talajban, gerincen és lejtőn nő.
